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家禽免疫器官分為中樞免疫器官和外周免疫器官。中樞免疫器官是各類免疫細胞發生、分化、發育和成熟的場所。外周免疫器官是淋巴細胞和其他免疫細胞定居、增殖以及產生免疫應答的場所。

一、中樞免疫器官：

胸腺 ：把來自骨髓的多功能干細胞增殖分化為成熟的T細胞，然后遷至外周免疫器官的胸腺依賴區定居，參與細胞免疫反應。當某種抗原進入機體時，T細胞與B細胞同時做出免疫應答，B細胞應答產物是特異抗體，T細胞應答產物是效應細胞，兩者相輔相成，共同消滅抗原。

法氏囊：Ｂ細胞發育和分化的主要場所，也是免疫球蛋白基因分化及基礎抗體庫形成和擴展所必需的。它們對維持機體終生的體液免疫功能很重要。若疾病或人為原因破壞了法氏囊，就會引起不同程度的B細胞缺陷，以及血清IgG、lgA水平的顯著下降和體液免疫的嚴重抑制。破壞越早，危害越大。

骨髓是造血器官，也是重要的免疫器官。骨髓能產生一種特殊的細胞，叫“多功能干細胞”，它隨血液運行到機體不同部位，就分化為不同的免疫細胞，體內所有一切免疫細胞均由它分化而成。此外，骨髓本身也是某些免疫細胞的場所，尤其是法氏囊和胸腺退化后，是淋巴細胞自我更新的成年形干細胞的主要來源。

二、外周免疫器官

脾臟：主要參與免疫應答，形成針對血液中抗原的抗體。

腸道淋巴組織：包括法氏囊(中樞免疫器官)、粘膜的彌散性淋巴浸潤、盲腸扁桃腺、Meckel氏憩室和Peyer氏淋巴集結。盲腸扁桃體是法氏囊退化后接替其外周免疫功能的淋巴器官。雛雞的Meckel氏憩室和Peyer氏集結主要對腸道抗原進行吸收處理，并產生大量漿細胞。

壁旁淋巴細胞：雞的眼旁和壁旁區有幾處淋巴組織集結，其中以間質內浸潤了大量漿細胞的外分泌性哈德氏腺(即副淚腺)最為重要，它負責眼眶、壁和上呼吸道的局部免疫。

由此可見，動物最好的醫生是自己體內的免疫系統。只有免疫系統正常運行，機體才會強健，才能有效抵抗大多數疾病的侵襲。